Вмешаться в работу скрипта обновления никак нельзя. Поэтому понадобилось повесить на cron пересоздание фасетных индексов для инфоблока товаров.
Ранее я этого никогда не делал, поэтому полез в гугл за информацией. В итоге нашел все, что мне нужно. Привожу копию со ссылкой на источник.
Чтобы отключить (удалить) фасетный индекс, выполните этот код в консоли PHP:
CModule::IncludeModule('iblock');
Bitrix\Iblock\PropertyIndex\Manager::DeleteIndex(ID_инфоблока);
Bitrix\Iblock\PropertyIndex\Manager::markAsInvalid(ID_инфоблока);
Пересоздать фасетный индекс через API:
Для элемента:
\Bitrix\Iblock\PropertyIndex\Manager::updateElementIndex(ID_инфоблока, ID_элемента);
Для инфоблока:
$index = \Bitrix\Iblock\PropertyIndex\Manager::createIndexer(ID_инфоблока);
$index->startIndex();
$index->continueIndex(0); // создание без ограничения по времени
$index->endIndex();
Источник: https://webdevhelp.ru/solutions/facet-index/